Фамилия Музис — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на нерусскую или искусственную основу. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от личного имени или прозвища, и здесь есть две основные версии.

Первая и самая прямая — связь с греческим словом «муза». В древнегреческой мифологии музы — покровительницы искусств и наук. Фамилия Музис могла возникнуть в среде, где было принято давать «говорящие» фамилии по античным образам: в духовных училищах, семинариях или академиях XVIII–XIX веков. Семинаристы нередко получали фамилии по названиям божеств, муз, философов или добродетелей. Так Музис мог стать фамилией ученика или священника, которому дали прозвище за любовь к поэзии, музыке или красноречию. Суффикс -ис здесь характерен для грецизированных форм (сравните: Феликс, Онуфрис), что подкрепляет эту гипотезу.

Вторая версия — литовское или польское происхождение. В литовском языке есть слово «muzis» — вариант написания «mūžis», что означает «век», «долгое время». Фамилия могла возникнуть как прозвище старожила, долгожителя или человека, который «вековал» на одном месте. В польском языке «muza» — муза, но фамилия Музис встречается и в польских записях, возможно, как вариант латинизированной формы от имени Музы (Muzis). В Литве и Польше фамилии с окончанием -ис нередки (например, Балтрушайтис, Садаускас), и Музис могла быть русифицирована из литовской формы, потерявшей окончание -as.

Третья, менее вероятная версия — от древнегреческого имени Музей (Mousaios), которое в просторечии могло сократиться до Музис. Но это скорее догадка, так как в русской традиции такое имя почти не фиксируется.

География фамилии сегодня размыта: носители встречаются в России, на Украине, в Беларуси и странах Балтии, но нигде не образуют компактных гнёзд. Это типично для искусственных или редких фамилий, которые не были массово распространены в крестьянской среде. Сословно, если верна семинарская версия, предки могли быть выходцами из духовного сословия — священниками, дьячками или учителями церковно-приходских школ. Если верна литовская — скорее, крестьяне или мещане из западных губерний.

Однокоренных русских фамилий практически нет. Встречаются Музин, Музов, но они образованы от других основ (от имени Муза или от слова «муза»). Фамилия Музис стоит особняком: редкий суффикс и двойная этимология делают её хорошим примером того, как одна фамилия может вести к двум разным мирам — античной учёности и балтийскому быту.