Фамилия Мякаев — один из тех случаев, когда корень слова настолько прозрачен, что сразу подсказывает версию происхождения, но при этом оставляет место для неожиданного поворота. Основа «мяк-» напрямую связана с прилагательным «мягкий» (в старом произношении «мяккий») и глаголом «мякать» — мять, разминать, делать мягким. Казалось бы, всё просто: предок мог получить прозвище Мякай за мягкотелость, уступчивый характер или, наоборот, за профессию, связанную с размягчением чего-либо — например, кожевника, который мял кожи, или пекаря, месившего тесто.

Однако есть и вторая, более редкая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В некоторых говорах «мякать» означало «мычать» или «издавать невнятные звуки» — так могли прозвать человека с тихим, неразборчивым голосом или того, кто говорил «мя-мя» вместо чётких слов. Эта гипотеза менее популярна, но лингвистически обоснована: чередование «я» и «ы» в корнях встречается в диалектах (ср. «мякать» и «мыкать»).

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Мякай (или Мяка) плюс притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Мякаев). Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что основа оканчивалась на мягкий согласный или «й». Фамилия недворянская, типично крестьянская или посадская, распространённая в центральной России и Поволжье — по данным современных справочников, чаще всего встречается в Нижегородской области и в Татарстане, где могла закрепиться и среди крещёных татар, адаптировавших русскую модель фамилии.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилии на -аев разбираются как производные от прозвищ на -ай, и Мякаев вписывается в этот ряд наравне с Болтаевым, Ширяевым или Ломаевым. Спор о точном значении прозвища — «мягкий человек» или «мычащий человек» — неразрешим без конкретных записей XVII–XVIII веков, но обе версии имеют право на существование. Что точно, так это отсутствие связи с каким-либо знатным родом: Мякаевы — фамилия, выросшая из народной среды, из бытового прозвища, которое дали за характер, голос или ремесло.