Фамилия Мылышенко — один из тех случаев, когда написание немного сбивает с толку. Кажется, что корень «мыл-» отсылает к мылу, но на самом деле перед нами украинская фамилия, в основе которой лежит глагол «мылити» — то есть «мылить», «намыливать». Только речь не о мыле в прямом смысле, а о старом значении: «мылити» означало обманывать, проводить, морочить голову. Так что первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище Мыло или Мылыш за хитрость, ловкость в делах или склонность к розыгрышам.

Суффикс -енко — классический патронимический формант украинских фамилий, указывающий на происхождение от отца или предка. Мылышенко — это буквально «сын Мылыша». Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках, когда фамилии на -енко активно закреплялись среди казачества и крестьянства. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, украинский вариант не привязывал носителя напрямую к владельцу земли, а подчёркивал родство.

Интересно, что однокоренные фамилии — Мыла, Мыльников, Мыльченко — встречаются и в русской среде, но с разной семантикой. В русском языке «мыло» чаще ассоциировалось с ремеслом мыловара, а в украинском — с обманом или, реже, с внешностью («мыло» как бледное лицо). Вариант Мылышенко почти наверняка украинский, с мягким шипящим в основе и уменьшительным суффиксом -ыш, что придаёт прозвищу оттенок «маленький хитрец» или «обманщик».

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черниговщине, Сумщине. В дореволюционных переписях Мылышенко встречаются редко, но это не значит, что фамилия новая: просто в XIX веке многие украинские крестьяне не имели закреплённых фамилий, и окончательное оформление произошло уже после отмены крепостного права. Сейчас носители живут как в Украине, так и в России, но фамилия остаётся малочисленной.

Если коротко: предки Мылышенко — скорее всего, казаки или крестьяне с Украины, а прозвище основателя рода намекало на его хитрый или весёлый нрав. Никакого мыловарения — только игра слов и народная меткость.