Фамилия Мынына — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных русских фамильных суффиксов (-ов, -ев, -ин), что сразу указывает на нерусскую или искусственную основу. В русской традиции фамилия оканчивается на -а, но ударение в ней, скорее всего, падает на первый слог: МЫ́нына.

Самый вероятный путь образования — от прозвища или имени, записанного в родительном падеже. Если предположить, что в основе лежит слово «мына» или «мын», то фамилия могла возникнуть в среде, где сохранялись архаичные или диалектные формы. Например, в некоторых говорах «мына» — это вариант слова «мина» (лицо, выражение лица), либо искажённое «мын» (от «мынить» — медлить, колебаться). Человека могли прозвать Мыной за характерную мимику или медлительность, а его потомки стали Мыныными.

Есть и вторая версия — географическая. Фамилия могла быть образована от названия реки или урочища Мына. В топонимике встречаются гидронимы с корнем «мын-» (например, река Мына в бассейне Амура или в Сибири). Тогда предок мог получить фамилию по месту жительства: «из Мыны» — Мынына. Такая модель характерна для фамилий, которые не успели обрасти суффиксами и сохранили чистую основу.

Наконец, не исключено, что фамилия Мынына — это русифицированная форма тюркского или финно-угорского имени. В коми-пермяцком языке есть слово «мын» (медведь), в тюркских — «мын» (тысяча, множество). Если первый носитель был из народов Поволжья или Урала, его прозвище могли переделать на русский лад, оставив окончание -а в женском роде (как у фамилий типа «Кузьмина»), но без патронимического суффикса.

Точных данных о сословной принадлежности Мыныных нет. Судя по редкости, это не дворянская и не купеческая фамилия — скорее крестьянская или мещанская, возникшая в глубинке. Из-за отсутствия массовых источников (переписей, метрик) восстановить единую историю рода сложно. Но сама фамилия — хороший пример того, как прозвище или микротопоним может закрепиться в неизменном виде и дожить до наших дней.