Фамилия Мырсакатов — это, скорее всего, фонетический вариант более распространенной фамилии Мирсакатов (или Мирсагатов). Такое написание могло закрепиться из-за особенностей произношения в разных диалектах или при записи фамилии чиновниками «на слух». Разница в первой букве («ы» вместо «и») не меняет смысла, но делает фамилию редкой и легко отличимой.

Основа фамилии — составное восточное имя Мирсагат. Как и большинство подобных имен, оно состоит из двух частей. Первая часть, «Мир», — это измененное арабское «эмир», то есть «правитель, глава государства, военачальник». Вторая часть восходит к арабскому мужскому личному имени Сагат, которое переводится как «здоровый».

Нарекая сына таким именем, родители вкладывали в него пожелание, чтобы мальчик вырос крепким, сильным и здоровым, а также, возможно, закладывали в имя надежду на его будущую значимость и авторитет, связывая с первой частью о «правителе». Получается, что имя Мирсагат — это своего рода «благословение» на долгую и достойную жизнь.

Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Таким образом, Мырсакатов буквально означает «сын Мырсаката» (или Мирсагата). Эта модель — самая распространенная для фамилий, возникших в среде тюркских и других восточных народов, вошедших в состав Российской империи.