Фамилия Мышачья — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив притяжательную форму. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, здесь работает суффикс -j- (в написании — «ья»), который в славянских языках образует прилагательные со значением принадлежности: «мышачья» — то есть «принадлежащая мыши» или «относящаяся к мыши». Такая модель встречается в основном у прозвищ и фамилий, образованных от названий животных, но обычно она видоизменяется: Лисья, Волчья, Собачья. Однако в официальных документах такие формы закрепились редко — чаще их «русифицировали», добавляя суффиксы (Лисицын, Волков). Мышачья — исключение, сохранившее архаичную грамматику.

Само прозвище Мышь или Мышка на Руси было нередким. Его давали не за мелкий рост или серую одежду, как можно подумать, а за характер — тихий, юркий, незаметный, или за особенности поведения: человек мог «мышковать» (красться, тайком добывать). В новгородских и псковских писцовых книгах XV–XVI веков встречаются крестьяне с прозвищем Мышка, но фамилия Мышачья географически тяготеет к южнорусским и украинским говорам, где суффикс -ья в фамилиях встречается чаще (например, Ковальчук, но и Птичья, Козья). Возможно, предок носителя фамилии был известен в деревне как «Мышачий» — сын или человек Мыша, а форма застыла в родительном падеже множественного числа: «из рода Мышачьих».

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от топонима. В некоторых регионах (например, в Черниговской или Полтавской губерниях) существовали хутора и урочища с названием Мышачье или Мышачья балка. Переселенцы могли получить фамилию по месту выхода: «Мышачья» — «та, что из Мышачьего». Однако документальных подтверждений этому нет, и ономастика скорее склоняется к прозвищному происхождению.

Сословно фамилия не маркирована — её могли носить и крестьяне, и мещане, но дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современных справочниках Мышачья встречается единично, чаще всего в варианте Мышачий (мужская форма). Если вы носите эту фамилию, то, скорее всего, ваш предок получил прозвище за сходство с мышью — не в обиду, а по-деревенски метко.