Фамилия Мышаева образована от имени Мышай. Оно берет начало от татаро-башкирского существительного «мыши» со значением «лось» или «олень». Частица –ай является аффиксом, который используется для образована имени. Именование Мышай считается достаточно древний. Оно связано с распространенным в прошлом у татар и башкир культом животных. Давая младенцу имя со значением «лось» или «олень», родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Таким образом, потомок человека, которого звали Мышай, со временем получил фамилию Мышаева.