Фамилия Мышакина — женская форма фамилии Мышакин. Она образована от мужского прозвища или нецерковного имени Мышак. В древнерусской традиции имена, данные по названиям животных, встречались повсеместно: Мышаком могли назвать маленького, юркого, тихого или, наоборот, суетливого человека. В отличие от более распространённого «Мышка», суффикс -ак в основе указывает на активный признак или склонность к действию — «тот, кто мышится», то есть ведёт себя по-мышиному.

Словообразовательная модель проста: к основе Мышак- добавили притяжательный суффикс -ин, характерный для русских фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или -а/-я. Суффикс -ин означает «чей?» — сын Мышака. Такие фамилии массово закрепились в XVI–XVII веках, особенно в северных и центральных уездах России, где была распространена «бесфамильная» система с отчествами на -ов/-ев и -ин.

В региональном плане фамилия Мышакин и её женская форма Мышакина тяготеет к Поволжью и южнорусским областям. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: вероятно, родоначальник получил прозвище в конкретной слободе или деревне, и фамилия не разошлась широко за пределы одной губернии. В архивах можно найти упоминания крестьян и мещан с такой фамилией, например, в Казанской или Симбирской губерниях.

Интересно, что в некоторых говорах слово «мышак» имело дополнительное значение — так называли не только грызуна, но и цвет серой мышиной масти у лошадей или собак. Если предок Мышакин держал лошадей мышастой масти, прозвище могло перейти по коню, а не по характеру. В любом случае, основа фамилии — живая, разговорная, без книжных заимствований, что типично для «прозвищных» фамилий простого люда.