Прозвище Мышака восходит к слову «мышь». Однако не исключено, что основатель рода Мышакиных напоминал мышь по характеру (например, скромностью или склонностью делать большие запасы, скуповатостью). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мышака, со временем получил фамилию Мышакин.