Фамилия Мышаковы — один из тех редких случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается не профессия и не крестильное имя, а прозвище, данное по сходству с животным. В основе фамилии лежит древнерусское прозвище Мышак, которое, в свою очередь, образовано от существительного «мышь». Суффикс -ак в данном случае — типичный для славянских прозвищ показатель: он придавал слову характерную просторечную окраску, как в словах «простак» или «добряк». Так Мышаком называли человека, который, по мнению окружающих, напоминал этого маленького зверька.

Что именно имели в виду соседи, давая такое прозвище, — вопрос открытый. Самая очевидная версия — внешнее сходство. Мышаком могли прозвать человека, который одевался в серую, неброскую, спокойных цветов одежду и словно бы сливался с толпой. Но не менее правдоподобно и другое объяснение: прозвище отражало характер. Мышак — это тихий, скромный и неприметный человек, который не лез в споры и старался держаться в тени. В народе такое поведение не считали пороком, а скорее отмечали как отличительную черту. Отдельно стоит сказать о бережливости: мышь, делающая запасы на зиму, могла стать символом хозяина, который не тратит лишнего и умеет копить добро.

Существует и более архаичная, дохристианская версия происхождения. В языческие времена у славян были распространены имена-обереги, образованные от названий животных и растений. Мышак мог быть таким именем, которое давали младенцу не для того, чтобы оскорбить, а наоборот — чтобы защитить. Считалось, что если назвать ребёнка «мышью», природа примет его за своего, а сам он перенят у зверька его полезные качества: юркость, умение выживать и запасливость. Эта традиция хорошо известна этнографам, и она вполне могла породить фамилию Мышаков задолго до того, как прозвище стало наследственным.

С образом мыши в народном сознании было связано и множество примет, что только укрепляло прозвище в речи. Люди верили, что если мыши массово покидают дом — быть пожару. А если мышь прогрызала верхнюю корку у каравая, это предвещало высокую цену на хлеб; если нижнюю — хлеб, наоборот, подешевеет. Такое внимание к поведению зверька делало его образ привычным и понятным, а прозвище Мышак — естественным для деревенского обихода. Со временем оно закрепилось за человеком как основное именование и перешло к его детям, превратившись в фамилию Мышаков по стандартной модели: от прозвища на -ак к фамилии на -ов.

Интересно, что эта фамилия стоит в ряду однокоренных, но не таких частых, как, например, Мышкин или Мышев. Форма Мышаков встречается реже и звучит более архаично, что косвенно указывает на давность прозвища. Впрочем, точное время и место возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования родовых имён шёл в разных землях неравномерно. Окончательно говорить о конкретной местности, где впервые появились Мышаковы, можно только после серьёзных генеалогических изысканий с привлечением архивных документов, писцовых книг и метрических записей. Тем не менее, уже сейчас ясно, что фамилия Мышаковы — это живой отпечаток народного мировосприятия, где наблюдательность и любовь к меткому слову превращали обычного человека в родоначальника целой фамилии.