Фамилия Мышаковская — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ск- и окончание -ая, типичные для польской шляхетской или русской дворянской модели. Такие фамилии чаще всего образовывались от названий населённых пунктов, усадеб или местностей. В основе лежит топоним Мышаково или Мышаков. Деревни с названием Мышаково встречаются в нескольких регионах России (например, в Смоленской, Тверской и Псковской областях), а также в Беларуси и на Украине. Владелец такого поместья или выходец из этих мест получал прозвание Мышаковский, которое со временем закрепилось как фамилия.

Однако есть и вторая, не менее правдоподобная версия. Основа «мышак» могла быть не топонимом, а прозвищем. В старых русских говорах «мышак» — это не просто мышь, а либо человек маленького роста и юркий, либо тот, кто промышляет мышиной охотой (например, кошатник или охотник на грызунов). В диалектах северо-запада России «мышаком» называли даже водяную крысу или хорька. В таком случае фамилия Мышаковская — это отчество-прозвище: сын Мышака. Суффикс -овск- в этом ряду указывает на принадлежность к роду прозванного Мышака, но со временем фамилия «облагородилась» под влиянием моды на дворянские окончания.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, форма на -ская говорит о более позднем оформлении (XVI–XVIII века) и часто — о более высоком социальном статусе первых носителей. Мышаковские могли быть мелкими помещиками, служилыми людьми или духовенством, получившим фамилию по названию прихода. Встречается фамилия и в польском написании — Myszakowska, что подтверждает её западнорусские или белорусские корни.

Спорных версий немного, и они слабы: например, связь с еврейским именем Мойша (Моисей) через искажение «Мышак» маловероятна — для этого нет ни фонетических, ни исторических подтверждений. Более реалистично, что фамилия просто записана на слух в документах XIX века, и её носители — крестьяне, которых переселили из Мышаково в другую губернию и записали по месту выхода.

Таким образом, Мышаковская — это либо «та, что из Мышаково», либо «дочь Мышака». В любом случае, за фамилией стоит не мышь как животное, а конкретное географическое или личное прозвище, которое дали предку за характер или место жительства.