Фамилия Мышаковский — редкий пример фамилии, образованной не напрямую от прозвища «Мышак», а через топоним. В русской ономастике суффикс -ский почти всегда указывает на связь с географическим названием: владельческий или переселенческий вариант. Поэтому первое, что приходит в голову: предок носителя фамилии происходил из села или деревни с названием Мышаково, Мышаковка или Мышаки. Такие топонимы встречаются в Беларуси, на западе России и в Украине — в зоне, где распространены фамилии на -ский. Основа «мышак» в славянских говорах — это не просто «мышь», а либо крупная мышь, либо человек, похожий на мышь (юркий, тихий, с мелкими чертами лица), либо прозвище по занятию: мышелов, охотник на грызунов. В польском языке «myszak» — детёныш мыши, что тоже могло стать источником.

Если рассмотреть словообразовательную модель: корень «мыш-», суффикс «-ак» (уменьшительно-пренебрежительный или характеризующий) и типичный дворянско-шляхетский суффикс «-овский»/-евский» (в варианте Мышаковский — через «а»). Такая конструкция нехарактерна для крестьянских фамилий центральной России, где чаще использовали -ов/-ев. Значит, носители фамилии, скорее всего, принадлежали к мелкопоместной шляхте Речи Посполитой или к служилым людям, получившим землю в этих местах. В документах XIX века фамилия встречается крайне редко, в основном в Волынской и Минской губерниях.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия образована напрямую от прозвища Мышак (человек, похожий на мышь) с добавлением -ский уже в канцелярии, по модели «как у помещика». Но тогда логичнее было бы ожидать форму Мышаков или Мышакин. Суффикс -ский в таком случае выглядит искусственным, навеянным модой на польские фамилии среди русских однодворцев. Однако массовых подтверждений этому нет.

Среди однокоренных фамилий — Мышаков, Мышакин, Мыша, Мышев. Все они более прозрачны по происхождению: от прозвища или от имени-оберега (Мышка, Мышонок — чтобы ребёнок был незаметен для злых сил). Мышаковский стоит особняком: его «географический» след толще, чем «прозвищный». Если у вас сохранились семейные предания о предках из западных губерний, это хорошее подтверждение версии о топонимическом корне.