Фамилия Мышагский — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа, «Мышаг», не встречается в современных русских говорах как нарицательное слово, а значит, перед нами либо географическое название, либо адаптация иноязычного корня. Суффикс -ск- указывает на типичную модель образования от названия места: такую фамилию мог получить человек, владевший землёй или живший в населённом пункте с похожим именем.

Самая вероятная версия — связь с топонимом Мышага. Это название реки и посёлка в Новгородской области (Шимский район). Ойконим имеет финно-угорские корни: в прибалтийско-финских языках «mуsä» означает «чёрный», а суффикс -га типичен для гидронимов северо-запада. Таким образом, Мышагский — это «выходец с реки Мышаги» или «помещик, которому принадлежали земли по Мышаге». Фамилия могла закрепиться за дворянами, получившими имение в этих краях, или за крестьянами, переселившимися из той волости.

Менее убедительная гипотеза возводит основу к прозвищу «Мышаг» — возможно, от диалектного «мышак» (мышь, крыса) или искажённого «мышатник» (охотник на мышей). Но суффикс -ск- плохо сочетается с прозвищной моделью: обычно так образовывали фамилии от географических названий, а не от личных имён или профессий. Поэтому версия с рекой Мышагой выглядит предпочтительнее.

Фамилия явно не массовая. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, что подтверждает её локальный характер. Носители Мышагских, скорее всего, происходят из Новгородской или соседних губерний. В современной России фамилия остаётся редкой, и её обладатели, вероятно, сохраняют родовую память о северо-западных корнях.