Фамилия Мыштаева звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её основа почти наверняка тюркская, а русским фамилию сделал суффикс -ев. Если отбросить окончание, указывающее на женский род (Мыштаева — форма жены или дочери Мыштаева), то мужской вариант — Мыштаев. В нём корень «мыштай» и суффикс -ев, который в русских фамилиях чаще всего присоединяли к прозвищам или именам, заканчивающимся на мягкий согласный или -й.

Самая вероятная версия происхождения — от тюркского личного имени или прозвища Мыштай. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «мыш» или «мыштак» может означать «кошка», «котёнок» или «маленький, юркий». Суффикс -тай в тюркских именах — уменьшительно-ласкательный, как в именах Куантай, Бектай. Таким образом, Мыштай — это «котёночек», «маленький и проворный», а в переносном смысле — ласковое прозвище для ребёнка. Фамилию Мыштаев, скорее всего, дали потомкам человека по имени Мыштай.

Встречается и другая, менее убедительная версия: от русского диалектного слова «мыштать» — «медлить, копаться, возиться». Но такая основа дала бы фамилию Мыштаев с другим ударением и была бы редкой даже в северных говорах. География фамилии (носители встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области) указывает именно на тюркский след.

Фамилия Мыштаева — недворянская, без суффикса -ский. Она относится к числу поздних «простых» фамилий, которые закрепились за крестьянами и мещанами в XIX веке, когда массово давали фамилии по имени или прозвищу главы семьи. В метрических книгах Поволжья и Приуралья эта фамилия встречается с середины XIX века, чаще всего у татар, башкир и русских, живших в смешанных с тюрками сёлах.