Фамилия Мыштаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа «Мыштай» не встречается в крестильных святцах, а значит, перед нами не отчество от церковного имени, а прозвище или тюркское имя, которое позднее обрусело. Суффикс -ев указывает на патронимическую модель: «чей?» — Мыштаев, то есть потомок человека по имени или прозвищу Мыштай.

Самый вероятный источник — тюркские языки. В них компонент «мыш» (mış) часто встречается в составе имён и прозвищ, например, в татарском, башкирском или казахском. «Мыш» может означать «рог», «бивень» или же выступать как аффикс прошедшего времени, образующий причастия (ср. «алмыш» — взявший). Вторая часть «тай» — распространённый тюркский именной формант, означающий «жеребёнок», «детёныш» или просто ласкательный суффикс. Таким образом, Мыштай могло быть уменьшительно-ласкательным именем от более длинного тюркского имени вроде Мыштыбай или означать «рогатый» — прозвище по физической особенности или тотему.

Менее убедительна версия о связи с русским словом «мышь». Словообразовательная модель «мышь + тай» для русского языка нетипична: суффикс -тай встречается в основном в заимствованных именах (Кузьма — Кузьмитай, но это скорее исключение). Если бы фамилия происходила напрямую от «мыши», мы ожидали бы форму вроде Мышкин или Мышаев. Поэтому тюркский след выглядит гораздо правдоподобнее.

В русских документах фамилия Мыштаев фиксируется в основном на территориях, где исторически было смешанное русско-тюркское население: в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье. Носители могли быть потомками служилых татар, башкир или крещёных инородцев, которые переходили в русское сословие и получали фамилию по имени отца. Социальный состав — по большей части крестьяне или казаки, но точных данных по сословной принадлежности без генеалогического поиска нет.

Фамилия сохранила редкий для русского уха звуковой облик, что делает её хорошим маркером для поиска корней: если вы Мыштаев, ваши предки с высокой вероятностью жили в зоне тюркско-славянского пограничья, а сама фамилия — память о дохристианском имени, которое давали по черте характера, внешности или родовому тотему.