Фамилия Мышута звучит необычно, и её разбор сразу выводит на редкую, но интересную словообразовательную модель. В русских фамилиях суффикс -ута встречается нечасто, и он почти всегда указывает на древнее прозвище, образованное по той же схеме, что и, например, Гута или Кривута. Основа здесь — «мыш-», от слова «мышь». Скорее всего, Мышутой в старину называли человека невысокого роста, юркого или тихого, с «мышиной» повадкой. Такие прозвища по сходству с животными — одни из древнейших, они могли закрепиться за человеком и без отрицательного оттенка, просто как меткая бытовая характеристика.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от имени или прозвища с корнем «Мыш-», которое могло быть вариантом крестильного имени Михаил в народном произношении (ср. Миша, Мышка). В этом случае суффикс -ута выступает как уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный, как в словах «мальчуга», «старуха». Однако для фамилий на -ута такая модель нетипична: она чаще встречается в украинской и белорусской ономастике, где суффикс -ута активно образовывал фамилии от прозвищ (Климута, Пашута). Так что географически фамилия Мышута, скорее всего, имеет западнорусские, белорусские или украинские корни.

В официальных документах фамилия закрепилась в форме именительного падежа единственного числа — Мышута, что характерно для фамилий украинского и белорусского происхождения, не склоняемых по типу «-ов» или «-ин». Она не указывает на принадлежность отцу (как Иванов или Петров), а прямо называет самого человека по его прозвищу. Таким образом, предок носителя фамилии был, вероятно, крестьянином или ремесленником, получившим уличное прозвище Мышута, которое затем перешло к детям и внукам.

Однокоренных фамилий в русском языке немного: Мышков, Мышкин, Мышаков. Мышута стоит среди них особняком именно из-за редкого суффикса, который сразу выделяет её из ряда «мышиных» фамилий и подсказывает, что её носители происходят из мест, где говор на -ута был обычным делом.