Фамилия Мюкке — редкая для России, и её происхождение почти наверняка связано с немецкими корнями. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин, форма Мюкке не имеет типичного славянского окончания. Это указывает на то, что фамилия была заимствована в готовом виде, скорее всего, из немецкого языка, и сохранила своё исходное звучание.

Основой послужило немецкое слово Mücke, что в переводе означает «комар» или «мошка». В немецкой ономастике фамилия Mücke (и её варианты Mück, Mücke) — это типичное прозвище. Его могли дать человеку за маленький рост, тонкий голос или назойливый характер — по аналогии с надоедливым насекомым. В некоторых случаях прозвище могло закрепиться за человеком, который жил в низинной, болотистой местности, где водилось много мошкары.

Написание через «ю» — Мюкке — это результат русской передачи немецкого звука [ü], который в русском языке заменяется на «ю». В самой Германии фамилия обычно пишется как Mücke или Muecke. Двойная «к» в русском варианте тоже не случайна: она передаёт долготу или ударение на первый слог, свойственное немецкому произношению.

В России фамилия Мюкке встречается крайне редко и, как правило, у потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье или на юг империи в XVIII–XIX веках. Встречаются единичные случаи, когда фамилию могли получить обрусевшие немцы, работавшие в городах. Если говорить о сословной принадлежности, то носители могли быть как крестьянами-колонистами, так и городскими ремесленниками. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.

Таким образом, фамилия Мюкке — это «говорящее» прозвище, которое в буквальном смысле переводится как «комар». Её носители в России — это почти всегда потомки немецких переселенцев, сохранивших фамилию в форме, близкой к оригиналу.