Фамилия Макке — редкий случай в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не имеет суффикса -ов, -ин или -ский. Такая «голая» основа, оканчивающаяся на гласную, почти всегда указывает на нерусское происхождение. Скорее всего, Макке — это фамилия немецкая или, реже, финская, которая сохранилась в исходном написании без русификации.

Если исходить из немецкого корня, то фамилия образована от краткой формы имени Маттиас (Matthias) — Macke или Mack. В диалектах северной Германии это имя давали в качестве прозвища, которое затем закрепилось за потомками. В таком случае фамилия Макке означает «сын или потомок Маттиаса» (человека по прозвищу Мак). Созвучна она и с нижненемецким словом «Macke», которое в некоторых говорах означало «пятно», «изъян» или «каприз» — возможно, прозвище человека с каким-то заметным недостатком или своеобразным характером.

Вторая версия связана с финскими корнями. В Финляндии фамилия Mäke (или Mäkke) образована от слова «mäki» — «холм, горка». Финские фамилии нередко заканчивались на -e, и при переселении в Российскую империю написание могло закрепиться как Макке. В этом случае предок носителя фамилии жил на холме или происходил из поселения с таким названием.

В России фамилия Макке встречается крайне редко, в основном у потомков обрусевших немцев или финнов-ингерманландцев, особенно в Ленинградской области и Санкт-Петербурге. Известный носитель — немецкий художник-экспрессионист Август Макке (1887–1914), но его фамилия не связана с русской историей. Русские Макке, скорее всего, ведут род от мастеров, ремесленников или крестьян, переселившихся в Россию в XVIII–XIX веках.