Фамилия Микке звучит для русского уха необычно — она не вписывается в привычную модель на -ов, -ин или -ский. И это верный ключ: перед нами не исконно русская, а западная фамилия, скорее всего, финская или карельская. В Финляндии и среди ингерманландских финнов распространены фамилии, оканчивающиеся на гласную, и Микке — одна из них.

В основе фамилии лежит личное имя Микко — финский вариант имени Михаил (Mikael). Суффикс -е характерен для финской модели образования фамилий от имён: Микке — это «сын Микко» или просто «Микко». В русских документах XIX — начала XX века такие фамилии часто записывали на слух, без адаптации к русской грамматике, поэтому Микке могла закрепиться именно в таком виде у финнов, переселившихся в Петербургскую губернию или Карелию.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть у обрусевших немцев или прибалтийских шведов от сокращённой формы имени Николай — Микке (Mikke). Но финский след выглядит убедительнее, хотя бы потому, что географически фамилия чаще встречается именно в северо-западных регионах России.

С точки зрения словообразования, фамилия Микке стоит особняком: она не получила русского патронимического суффикса, а осталась в «чистом» виде, как её носил первый носитель. Это значит, что предки человека с такой фамилией, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками из финских или карельских деревень, которые в XIX веке переселялись в окрестности Петербурга. Со временем фамилия могла русифицироваться в произношении, но написание сохранило исходную форму.