Фамилия Набердин — редкая и неочевидная. Если отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Набердин, то есть сын или потомок Наберды), то остаётся основа «Наберд-». Вот с ней и главная загадка.

Самая вероятная версия: фамилия связана с диалектным словом «наберда» или «набердень». В говорах русского Севера и Урала так называли нарост на дереве, кап, или вообще что-то выпуклое, вздутое. Прозвище Наберда могли дать человеку с заметной особенностью внешности — например, с шишкой, родимым пятном, или просто коренастому, плотному. Суффикс -ин здесь работает как притяжательный: Набердин — «из дома Наберды».

Менее правдоподобна, но встречается в любительских разборах, версия от тюркского «набер» (подарок, дар). Однако она слабая: слово «набер» в таком значении не фиксируется в тюркских языках, а суффикс -дин для русской фамилии от тюркской основы нетипичен. Скорее всего, это позднее народное переосмысление уже существующей русской фамилии.

Географически фамилия Набердин тяготеет к Поволжью и Уралу — встречается в Пермском крае, Кировской области, Татарстане. По сословной принадлежности предки, скорее всего, были государственными крестьянами или мастеровыми людьми. Фамилия недворянская, не получила широкого распространения, что только подтверждает её происхождение от местного прозвища, а не от имени святого или знатного рода.

Однокоренных фамилий мало: можно вспомнить Набердников, Наберухин — но все они держатся на той же диалектной основе «наберд-». Так что если вы Набердин, ваши предки, скорее всего, жили на севере или востоке европейской России, и прозвали их по какой-то приметной черте — внешней или, может быть, характера: «набердистый» в говорах означало упрямый, своенравный.