Фамилия Набеев образована от прозвища Набей, которое, вероятно, восходит к слову «набий», что с тюркского языка переводится как «пророк» - «провозвестник и истолкователь воли богов, божества». Вероятно, прозвищем Набей прозвали религиозного, набожного человека. Чередование согласных и/е в данном случае можно объяснить историческими процессами, происходившими в языке. Таким образом, потомок человека, которого звали Набей, со временем получил фамилию Набеев.