Фамилия Набешко звучит на украинский или белорусский лад, и её разбор стоит начать с суффикса -ко. В восточнославянской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых маркеров, указывающих на происхождение с земель современной Украины или Беларуси. Он часто присоединялся к прозвищам или именам, образуя фамилии, которые первоначально означали «сын такого-то» или «потомок того-то». В случае с Набешко основа, скорее всего, восходит к прозвищу Набег.

Прозвище Набег могли дать человеку за его характер или поведение — например, за склонность к внезапным действиям, наскокам, либо за участие в военных или разбойничьих вылазках. В диалектах слово «набег» имело и переносное значение: так могли назвать резкого, напористого человека, который «налетает» на собеседника в споре или деле. Отсюда же фамилия Набег, а Набешко — это её уменьшительно-патронимическая форма, буквально «маленький Набег» или «потомок Набега».

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с личным именем Набей, которое могло быть народной формой канонического имени Ананий (через греческое Анания). В таком случае суффикс -ко выполнял бы ту же роль: Набешко — «сын Набея». Однако эта гипотеза слабее, так как имя Набей почти не встречается в исторических источниках, а прозвище Набег — вполне живое и фиксируемое в старой русской письменности.

Регионально фамилия Набешко тяготеет к западу: её можно встретить в списках жителей Гродненской и Волынской губерний XIX века, а также среди переселенцев на Кубань и в Сибирь. Сословный состав носителей был преимущественно крестьянским или казачьим — никаких намёков на дворянство или духовное звание. Сейчас фамилия редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в России, Украине и Беларуси, часто с вариантом написания через «а» (Набешко) или с ударением на второй слог.

Таким образом, предок современных Набешко, скорее всего, получил уличное прозвище за бойкий нрав или военную удаль, а его дети и внуки закрепили это прозвище в качестве фамилии с типичным для тех мест суффиксом.