Фамилия Набоченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала массово вытеснять более старые патронимы. Суффикс -енко буквально означает «маленький» или «сын», то есть Набоченко — это «сын Набоки» или «потомок того, кого прозвали Набокой». Сама основа, Набока, — неканоническое прозвище или, реже, внутрисемейное имя.

Корень слова — «набока». В украинском и южнорусских говорах «набока» — это человек, который ходит «на боку», то есть криво, косо, или тот, кто стоит в стороне, держится особняком. Прозвище могли дать за характерную походку, за манеру держаться или за нелюдимый нрав. Встречается и более конкретное значение: в некоторых регионах «набокой» называли человека с кривой шеей или перекошенным лицом. Впрочем, прозвища редко бывали обидными в прямом смысле — скорее, они служили точной приметой, по которой человека отличали в общине.

Географически фамилия Набоченко привязана к центральной и левобережной Украине — Черкасская, Полтавская, Киевская области. Именно там фамилии на -енко особенно распространены. В российских переписях Набоченко встречается реже, и почти всегда это потомки переселенцев с Украины, часто — казаков или крестьян, уходивших на свободные земли в XVIII–XIX веках.

Интересная деталь: у фамилии есть параллельные формы — Набокин, Набоков. Последняя стала знаменитой благодаря писателю, но её корень тот же. Разница только в суффиксе: -ов — русская модель, -енко — украинская. Набоченко, в отличие от Набокова, никогда не была дворянской или книжной — это фамилия простых людей, ремесленников и хлеборобов, чьё прозвище закрепилось в документах казацких реестров или метрических книг.

Если разбирать написание: ударение, скорее всего, падает на второй слог — Набо́ченко, хотя в быту встречаются варианты. В дореволюционных записях фамилию могли писать через «а» (Набаченко) под влиянием акающих говоров, но «о» в корне — исторически верное, от слова «бок».