Фамилия Набугонов — редкий случай, когда прозвище осталось почти без изменений, лишь обрастая типичным русским суффиксом. Основа здесь — набугон, слово, которое не встречается в современных словарях литературного языка. Скорее всего, это диалектное или просторечное прозвище человека. В русских говорах «набугонить» означало «надуть, нахмурить, сделать угрюмое лицо» или, напротив, «набухнуть, раздуться». Прозвище Набугон могли дать человеку с постоянно насупленным видом, угрюмому и неразговорчивому, либо, по другой версии, полному, грузному мужчине.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий: прозвище отца становилось фамилией его детей. Набугонов — буквально «сын Набугона». Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, из тех, что закреплялись в XIX веке при переписях населения.

Географию фамилии можно связать с северными и центральными губерниями России, где диалектное слово «набугонить» было в ходу. Встречается она и сегодня, но крайне редко. По данным открытых источников, носители фамилии Набугонов живут в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её русское, а не тюркское происхождение (несмотря на созвучие с некоторыми восточными именами). Тюркская версия, от имени Набугон (гипотетически), маловероятна: в тюркских языках нет такой основы, а фамилии на -ов от тюркских корней обычно имеют более прозрачную этимологию.

Таким образом, предок носителя фамилии Набугонов, скорее всего, был русским крестьянином, которого за характер или внешность прозвали Набугоном — угрюмым или дородным человеком.