Фамилия Набухотный — редкая и нестандартная по своей словообразовательной модели. В отличие от тысяч фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, она образована по модели, характерной для украинских и южнорусских фамилий: прилагательное с суффиксом -н- и окончанием -ый. В русском языке такая форма чаще встречается у прозвищ, ставших фамилиями, например, Безродный, Дорожный, Крутой. Однако корень «набухот-» сразу привлекает внимание — в литературном русском языке такого слова нет.

Скорее всего, в основе лежит украинское слово «набухнути» (набухать, разбухать, увеличиваться в объёме от влаги). В диалектах и просторечии от этого глагола могли образовать имя прилагательное «набухотний» — «набухший», «разбухший». Прозвище Набухотный могли дать человеку с полной, одутловатой фигурой, склонному к отёчности, или же тому, кто жил у болотистой местности, где всё «набухает» от воды. Вторая версия менее вероятна, но не исключена: в некоторых говорах «набухнуть» означало «надуться», «рассердиться», и прозвище могло отражать характер.

Фамилия почти не встречается за пределами Украины и южных областей России. В дореволюционных переписях её можно найти в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях. Это указывает на то, что предки носителя фамилии были крестьянами или казаками — у них фамилии часто возникали из бытовых прозвищ, а не из имён крестильных или названий профессий.

С точки зрения орфографии, фамилия могла писаться и как «Набухотный», и как «Набухотний» — в зависимости от того, на какой территории её зафиксировали и кто вёл запись. В современной России закрепился вариант с окончанием -ый, хотя украинский аналог звучал бы как «Набухотній». Это ещё один аргумент в пользу того, что фамилия — не позднее искусственное образование, а живое прозвище, укоренившееся в народной среде.