Фамилия Начкебиа звучит не по-русски, и это ключ к её разгадке. Она имеет явное грузинское (мегрельское) происхождение. В грузинских фамилиях окончание -иа (или -ия в русской передаче) — один из самых распространённых суффиксов, особенно в Западной Грузии (Мегрелии, Гурии, Имеретии). Он указывает на принадлежность к роду или месту, примерно соответствуя русскому -ов/-ев. Таким образом, Начкебиа — это «из рода Начкеба» или «относящийся к Начкеба».

Основа фамилии — «начкеби» или «начкеба». В мегрельском языке «начкеби» (ნაჭკები) означает «прялка» или «веретено». Скорее всего, прозвище Начкеба дали человеку, который занимался прядением, ткачеством или изготовлением прялок. Это ремесленное прозвище, которое закрепилось за родом. В дореволюционной Грузии ремесленники нередко получали фамилии по инструменту или продукту своего труда, и Начкебиа — яркий пример такой «профессиональной» фамилии.

Словообразовательная модель проста: корень «начкеб-» + суффикс принадлежности «-иа». В русском языке фамилию часто склоняют по образцу грузинских фамилий на -ия: Начкебия, Начкебии, Начкебию. Однако в самой Грузии, в мегрельском произношении, ударение падает на первый слог: На́чкебиа. В русской среде ударение часто смещается на последний слог — Начкебиа́, что тоже допустимо.

Фамилия редкая и локальная. Она почти не встречается за пределами Грузии и, как правило, указывает на корни из мегрельских регионов (Зугдидский, Чхороцкуский районы). Из-за редкости и узкой географии, версий о происхождении, кроме как от «прялки», практически нет — альтернативные толкования (например, от топонима) не подтверждаются источниками. Носители фамилии — потомки мегрельских ремесленников-прядильщиков, чьё прозвище со временем стало родовым именем.