Фамилия Начкин — редкий случай, когда прозвище или имя, лёгшее в основу, почти не оставило следов в письменных источниках, зато сама словообразовательная модель выдаёт возраст и социальные корни рода.

Строение фамилии прозрачное: корень «начк-» и суффикс «-ин». Суффикс «-ин» в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей сын?» — Начкин, то есть сын человека по прозвищу или имени Начка. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где «-ин» вытеснял «-ов» в фамилиях от основ на -а, -я.

Самое трудное — корень. Начка — это уменьшительная форма от имени, прозвища или даже профессии. Наиболее вероятная версия: Начка — народный вариант канонического имени Ананий (от древнееврейского «благодать Божия»). В русской традиции имя Ананий часто сокращали до Нана, Начка — через отпадение начального гласного и добавление суффикса, как в парах Агафья — Гаша, Анисья — Ниса. Если это так, фамилия Начкин восходит к крестильному имени и означает «потомок Анания».

Вторая версия — прозвищная. В диалектах «начка» могло означать нечто мелкое, незначительное, или же относиться к человеку, который «начинает» что-то (от глагола «начинать»). В говорах встречается слово «начка» в значении «начало», «зачин». Прозвище Начка могли дать зачинщику, первому в деле, или, наоборот, человеку, который всё начинал, но не заканчивал.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркским «начкы» (нож, резак), но для русской фамилии такое заимствование маловероятно без дополнительных следов в регионе.

Географически фамилия редкая. Перепись 1897 года фиксирует единичные случаи Начкиных в Вятской и Пермской губерниях — это зона активного бытования фамилий на «-ин» и сохранения архаичных уменьшительных имён. Встречается также вариант написания Начкын (с буквой «ы»), что подтверждает народное, не книжное происхождение: в северных говорах «ы» после «к» звучало твёрже.

Таким образом, Начкин — фамилия, образованная от личного имени или прозвища в XVI–XVII веках, скорее всего, в среде крестьян и посадских людей Русского Севера. Точное значение утрачено, но модель и география указывают на глубокую местную традицию, а не на пришлый или служилый род.