Фамилия Начигин — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку, а не даёт готовый ответ. Её основа — «Начиг» — не встречается в современных русских именах или нарицательных словах, поэтому разгадку приходится искать в диалектах, профессиях или иноязычных заимствованиях. Суффикс -ин указывает на модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я, либо от слова с основой на твёрдый согласный, но с характерным русским патронимическим окончанием, означающим «сын (или потомок) Начиги». Сама фамилия редкая, и её география, по данным открытых источников, тяготеет к центральным и северным регионам России, что намекает на возможное диалектное происхождение.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с глаголом «начить» или «начинать». В северных говорах (архангельских, вологодских) «начить» означало «начинать», «затевать», а также «покушаться» или «намереваться». Прозвище Начига могли дать человеку инициативному, зачинщику какого-либо дела, либо, наоборот, тому, кто постоянно что-то затевал, но не доводил до конца. В этом случае фамилия Начигин — отчество от такого прозвища, и предок носителя был известен как «Начига», то есть «зачинатель». Модель образования здесь прозрачна: основа глагола + суффикс -иг- (как в словах «кричать — крик», «стучать — стук», но с другим суффиксальным расширением), что встречается в русских прозвищах, хоть и редко.

Менее распространённая, но не лишённая оснований гипотеза — связь с тюркскими языками. Слово «начыг» или «начик» в некоторых тюркских диалектах (например, татарском, башкирском) может означать «слабый», «худой», «нежный» или даже «ребёнок». Учитывая историческое соседство русских и тюркских народов, прозвище Начига могло попасть в русскую среду как калька или прямое заимствование. Однако эта версия менее убедительна: фамилия Начигин не фиксируется в массовом порядке в регионах с сильным тюркским влиянием, а её фонетика (ударение, скорее всего, на второй слог: Начи́гин) типична для русского словообразования, а не для тюркского, где ударение часто падает на последний слог.

Интересная деталь: у фамилии есть вариант написания с одной «г» — Начигин, что встречается в старых метрических книгах. Это может указывать на то, что первоначальная основа звучала как «Начига», а не «Начиг». В таком случае прозвище могло быть образовано от слова «начиг» (в значении «начинающий»), но с добавлением суффикса -а, что характерно для русских прозвищ (ср. «Молчага» от «молчать», «Скряга» от «скряжничать»). Таким образом, Начига — это человек, который «начит», то есть начинает, затевает. Фамилия не принадлежала знатным родам — её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а прозвище закрепилось в одной из локальных общин. Прямых упоминаний в словарях Б. Унбегауна или В. Никонова нет, что подтверждает её редкость и локальный характер.