Фамилия Начиков — редкий пример, где прозвищная основа почти наверняка связана не с именем, а с действием. В её основе лежит глагол «на́чить» или «на́кать» — в северных и сибирских говорах это означало «настойчиво просить, клянчить, докучать». Человека, который постоянно выпрашивал что-то или надоедал просьбами, в народе могли прозвать Начи́к или На́ча. Фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: сын Начика стал Начиковым.

Суффикс -ов указывает на русское происхождение и принадлежность к северным или центральным областям России, где такая словообразовательная модель была основной. В отличие от украинских фамилий на -енко или белорусских на -ич, Начиков — типично великорусская фамилия, закрепившаяся в письменных источниках не раньше XVII–XVIII веков, когда крестьянам начали массово присваивать фамилии по прозвищам.

Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев: глагол «начить» в некоторых говорах имел дополнительный оттенок «упорно добиваться своего, не отступать». Такое прозвище мог получить человек с непростым характером, который умел настоять на своём даже в споре с общиной. Версия о происхождении от тюркского имени Начик (уменьшительное от Назар или Наджар) менее вероятна — для неё нет устойчивой географической привязки, и фамилия не фиксируется в южных регионах, где такие заимствования часты.

В дореволюционных переписях Начиковы встречаются в основном в Вологодской и Архангельской губерниях, что подтверждает северное происхождение. Сегодня фамилия остаётся довольно редкой — по разным подсчётам, её носят не более нескольких сотен человек, в основном на севере европейской части России и в Сибири, куда переселялись поморы и северные крестьяне.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Начин, Начков) показывает, что все они происходят от одной глагольной основы, но различаются суффиксами. Начиков — самая «прямая» форма, без дополнительных уменьшительных или увеличительных суффиксов, что говорит о том, что прозвище дали взрослому человеку, а не ребёнку.