Фамилия Начинков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с характером или внешностью, а с конкретным занятием. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Начинков — сын Начинка. Сама основа «начинк-» восходит к слову «начинка» в его прямом значении — то, чем наполняют пироги, кулебяки, калачи. В старину начинщиком (или начинком) называли того, кто готовит начинки, начиняет тесто. Это мог быть пекарь, пирожник или повар, специализировавшийся на сложных блюдах.

Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище Начинок от глагола «начинать» в смысле «зачинатель», «первопроходец». Однако в русской ономастике прозвища от глаголов обычно образуются через суффиксы -ай, -ун (Начинай, Начун), а не -ок. Форма «Начинок» проще всего объясняется именно как уменьшительное от «начинка»: так могли в шутку назвать человека, который любит или умеет делать начинки, либо того, кто постоянно что-то «начиняет» — вкладывает, наполняет.

По географии фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где была развита выпечка и пирожковый промысел. Встречается в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях, реже — на севере. В дореволюционных переписях Начинковы фиксируются как крестьяне и мещане, что типично для фамилии, образованной от ремесленного прозвища, а не от имени.

Словообразовательная модель редка: фамилии на -ков от слов с суффиксом -инк- (Начинков) встречаются намного реже, чем варианты от простых существительных (Печников, Сдобников). Это делает Начинков ярким примером того, как профессиональное прозвище закрепилось в фамилии, минуя стадию отчества от имени.