Фамилия Начинкины — редкий пример того, как прозвище, связанное с домашним ремеслом, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит слово «начинка», то есть то, чем набивают пустоту: подушку, перину, матрас. Отсюда первая и самая правдоподобная версия: прозвище Начинка получил мастер, который занимался набивкой и начинкой таких изделий — скажем, пуховых подушек или перин. В старину это было отдельное и востребованное ремесло, требовавшее сноровки: нужно было равномерно распределить пух или перо, чтобы вещь не сбивалась комом.

Модель образования фамилии проста и типична для славянской ономастики: к прозвищу Начинка добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность потомку. То есть Начинкин буквально означает «сын Начинки», «тот, кто из рода Начинки». Такая схема — самая распространённая в русских фамилиях, она же встречается у множества других родов, образованных от прозвищ с уменьшительно-ласкательным оттенком.

Но есть и вторая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов. В некоторых говорах «начинкой» могли называть не только предмет, но и самого человека — например, прижимистого или, наоборот, основательного, «наполненного» хозяина. Впрочем, эта гипотеза слабее: она не подкреплена устойчивыми диалектными значениями, тогда как ремесленная трактовка опирается на прямое значение слова.

Стоит обратить внимание и на форму множественного числа — Начинкины. Так чаще всего фиксировали фамилию в документах, когда речь шла о целой семье или династии. В единственном числе она звучит как Начинкин, и оба варианта встречаются в современных справочниках. Подобная вариативность характерна для фамилий, которые формировались в крестьянской среде: там родовое прозвище нередко употребляли во множественном числе, обозначая «семью Начинкиных», а уже позже это закрепилось в официальных записях.

Фамилия Начинкина — женская форма, образованная по тому же правилу, что и у большинства русских фамилий на -ин: она не меняет корня и лишь добавляет окончание -а. Встречается она реже мужской, но это объясняется просто — традицией записывать женщин в документах через мужскую форму.

Точное время и место возникновения фамилии Начинкины установить сложно: такие прозвища возникали независимо в разных регионах, где было распространено ремесло набивки. Вероятнее всего, фамилия имеет севернорусские или центральнорусские корни, поскольку там пуховое и перовое производство было особенно развито. Однако без серьёзных генеалогических изысканий — архивных записей, переписей, метрических книг — говорить о конкретной местности преждевременно. Сама фамилия — живой след того, как обыденное занятие предка превратилось в имя, которое носят его потомки.