Фамилия Начинкина образована от прозвища Начинка, которое восходит к нарицательному слову со значением «то, чем начинена, набита пустота». Проще говоря, начинка — это то, что кладут внутрь: в подушку, перину, матрас или пирог. Вполне вероятно, что прозвище Начинка закрепилось за человеком, который профессионально занимался набивкой таких предметов, например подушек или перин. В старину это было отдельное ремесло: мастера взбивали перо и пух, распределяли его по чехлам, и их работа была востребована в любом зажиточном доме.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: прозвище Начинка + патронимический суффикс -ин. Такой способ типичен для русских фамилий, образованных от слов женского рода с окончанием -а. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей ты будешь?» — «Начинкин», то есть сын, потомок Начинки. По той же модели возникли фамилии Сметанин, Полушкин, Кожин. Со временем прозвище, данное одному человеку, закрепилось за его детьми и внуками как наследственное семейное имя, и потомок человека по прозвищу Начинка стал носить фамилию Начинкин.

Важно понимать, что прозвище Начинка не обязательно указывало на род занятий. В народной среде прозвища часто давались с иронией или по внешнему сходству. Например, так могли назвать полного, «набитого» человека или, наоборот, того, кто любил плотно поесть. Но версия о ремесле выглядит правдоподобнее: она опирается на прямое значение слова, а прозвища по профессии в XV–XVII веках были одним из главных источников русских фамилий.

Форма Начинкина — это женский вариант фамилии, который в современном употреблении закрепился за женщинами, тогда как мужчины носят форму Начинкин. В документах и переписях до XX века фамилия могла писаться с одной буквой «н» (Начикин) — такое написание встречается в старых записях и отражает произношение, при котором двойная согласная не слышалась отчетливо. Но основная, исторически сложившаяся форма — с двумя «н», сохраняющая связь с исходным словом «начинка».