Фамилия Начинка — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует расшифровки. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от имён или профессий, здесь корень прозрачен: «начинка» — то, чем наполняют пироги, кулебяки или блины. Первым носителем такого прозвища мог быть искусный повар или пекарь, который славился сочными и обильными начинками. Но есть и вторая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «начинкой» называли не только еду, но и закладку, тайник, а также имущество, которое прятали от посторонних глаз. Тогда прозвище мог получить человек скрытный, запасливый или, наоборот, тот, кто занимался мелкой торговлей «с начинкой» — продавал товар с секретом.

Сама фамилия построена по самой распространённой в России модели: основа «начинк-» плюс суффикс -а, который в чистом виде встречается реже, чем -ов/-ев. Обычно такие фамилии закреплялись за женщинами (вдовами или дочерьми) в документах XVII–XVIII веков, но со временем потеряли родовую привязку. В современном русском языке фамилия Начинка склоняется как существительное женского рода, хотя её могут носить и мужчины, что создаёт грамматическую неловкость: «Иван Начинка» звучит нестандартно для уха.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где слово «начинка» бытовало в бытовой лексике активнее, чем на севере. Встречается она редко, в основном в единичных записях по Курской, Воронежской и Харьковской губерниям. Сравнение с однокоренными фамилиями (Начинкин, Начинов) показывает, что вариант Начинка — самый архаичный, он сохранил бессуффиксальную форму прозвища, что для русской ономастики нехарактерно. Обычно такие «голые» основы со временем обрастали суффиксами, но здесь этого не произошло, и фамилия осталась живым свидетельством прямой номинации: человека называли по самому яркому признаку — его занятию или свойству, без дополнительных формальностей.