Фамилия Нафигин — редкая и в своём происхождении неочевидная. По модели образования это типичная русская фамилия на -ин, то есть образована от прозвища или имени, оканчивающегося на -а или -я: Нафига. В основе лежит слово «нафиг» — просторечный эвфемизм, замена нецензурной лексики, означающий «зачем», «для чего», «прочь». Это даёт ключ к пониманию: перед нами не татарская или восточная фамилия (как может показаться из-за созвучия с «Нафиг»), а исконно русская, возникшая в среде, где грубоватое, но не матерное выражение могло стать личным прозвищем.

Такие прозвища на Руси давали не в обиду, а для узнаваемости. Человек, которого в деревне или в артели прозвали Нафига, мог получить это за привычку задавать лишние вопросы («Нафига это делать?»), за въедливый характер, за то, что постоянно сомневался и переспрашивал. Либо прозвище могло быть ситуативным: например, так могли окликнуть того, кто отказывался от работы или от угощения, отмахиваясь: «Да нафиг мне это надо». Со временем это уличное имя закрепилось за потомками в форме фамилии Нафигины.

Версия о происхождении от мусульманского имени Нафиг (араб. «полезный», «приносящий пользу») фонетически возможна, но маловероятна для фамилии на -ин. Фамилии от восточных имён обычно оформлялись по-другому (Нафигов, Нафигуллин) или сохраняли исходный корень без русского суффикса. А -ин в русской ономастике — почти всегда признак славянского происхождения основы. Поэтому версия с прозвищем от междометия «нафиг» — основная и логичная.

Географически фамилия Нафигин встречается точечно, преимущественно в центральных и южных регионах России, где была сильна традиция бытовых прозвищ. В дореволюционных переписях она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVIII века, когда началось массовое закрепление фамилий за податными сословиями. Носители её, вероятно, были людьми прямыми, не стеснявшимися в выражениях, и это качество передалось в фамилию.