Фамилия Начёкин звучит на слух как нечто, связанное с ночным временем или подсчётом, но её корень лежит в совсем другой плоскости. Основа фамилии — слово «начёк», которое в старых русских говорах означало нечто, надетое поверх, накидку, чехол или покрывало. От этого же корня пошли слова «начеку» (в значении «наготове») и «начкать» (испачкать, набросать), но в основе фамилии лежит именно предметный смысл: человек, которого прозвали Начёк за привычку носить накидку или за то, что он шил такие накидки.

Модель образования простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -о. В разговорной речи фамилию могли произносить с ударением на второй слог — Начёкин, хотя в литературной норме закрепилось ударение на первый: На́чёкин. Это нередкий случай, когда ударение «скользит» в зависимости от региона.

Интересная деталь: фамилия Начёкин — редкая. В дореволюционных метриках и переписях она встречается в основном в северных и центральных губерниях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской. Там слово «начёк» бытовало в значении «верхняя одежда, накидка из домотканого сукна». Скорее всего, предки носителей фамилии были либо портными, либо крестьянами, получившими прозвище по характерной одежде.

Сравните с однокоренными фамилиями: Начёткин (от «начётка» — накидка, покрывало) и Начётников (от «начётник» — грамотей, начитанный человек). У Начёкина корень чисто вещественный, без книжного налёта. Это сразу отличает её от фамилий с корнем «чёт» (счёт, расчёт), которые часто давали писарям или старостам.

Версия о происхождении от глагола «начить» (начать) маловероятна: от глагольных основ в русской антропонимии обычно образуются фамилии через суффикс -ов (Начаев, Началов), а не -ин. Так что Начёкин — это фамилия от прозвища по одежде или ремеслу, и её носители, скорее всего, были мастерами по шитью или просто людьми, которых в деревне узнавали по накидке.