Фамилия Начёкина — женская форма фамилии Начёкин, а та в свою очередь образована от прозвища или имени Начёка. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно указывали на принадлежность: «чей сын?» — Начёкин, то есть сын Начёки. Основа здесь — корень «начёк-», который напрямую связан со словом «начёк» — так в старых русских говорах называли удар, щелчок, а иногда и зарубку, метку. Вероятнее всего, прозвище Начёка получил человек с резким, хлёстким характером, либо тот, кто любил делать зарубки на память — например, плотник или лесоруб.

Менее распространённая, но возможная версия выводит прозвище из диалектного «начёк» в значении «небольшой запас, остаток» — так могли прозвать бережливого хозяина или того, кто жил скупо, «с начёком». В любом случае, фамилия относится к числу относительно редких: она не фиксируется в крупных боярских или дворянских родословных, а бытовала в основном в северных и центральных губерниях России — в Вологодской, Костромской, Вятской. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия закрепилась в среде крестьян и посадских людей, где отчество на -ин было нормой.

Интересно, что Начёкиных иногда путают с Начёткиными — фамилией от слова «начётчик» (грамотей, знаток церковных книг). Но в случае Начёкиных корень другой, и связь с грамотностью здесь ни при чём. Спорных версий у фамилии немного: она прозрачна по составу, и этимология укладывается в одну из двух бытовых моделей — либо прозвище по действию, либо по качеству. Выбрать между ними сложно, но первая (от «начёк» — удар, щелчок) выглядит убедительнее: такие прозвища часто давали за манеру поведения, а не за хозяйственную черту.