Фамилия Надыбина — женская форма от Надыбин, и её основа сразу отсылает к реке. В отличие от множества фамилий на -ин, образованных от крестильных имён или прозвищ, здесь корень «надыб-» почти наверняка связан с гидронимом Надым. Река Надым течёт в Ямало-Ненецком автономном округе, а город Надым известен как центр газодобычи. Мужская фамилия Надыбин, скорее всего, возникла у переселенцев или жителей тех мест: человека, приехавшего с Надыма или жившего на его берегу, могли прозвать Надыма, а его потомки становились Надыбиными.

Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Надыбин, то есть сын или потомок Надымы. Такая модель типична для северорусских и сибирских регионов, где фамилии часто закрепляли географическое происхождение. Возможна и более редкая версия: от прозвища Надыба, которое могло означать «добытчик» или «находчивый» — в говорах «надыбать» значит «найти, раздобыть». Но гидронимическая версия выглядит убедительнее: фамилия Надыбин встречается в основном в Тюменской области и на Урале, что совпадает с ареалом реки.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) нет прямого упоминания Надыбина, но модель «река + -ин» хорошо описана: так возникли Волгин, Иртышов, Амурин. Фамилия Надыбина — пример того, как топоним, казалось бы, далёкий от средней полосы, стал родовым именем в семьях, чьи предки осваивали северные земли. Сейчас её носительницы живут не только на Ямале, но и в других регионах России — фамилия не самая частая, но устойчивая, без вариантов написания вроде «Надымова».