Фамилия Надыкта звучит необычно для русского уха, и это верный признак того, что корни её лежат за пределами привычной славянской модели. Она не вписывается в ряд фамилий на -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами пример позднего закрепившегося прозвища, которое так и осталось в начальной форме.

Вероятнее всего, фамилия имеет тюркское происхождение. Основа «надык» или «надыкта» восходит к тюркскому слову «надык» (nadyq) в значении «знакомый», «известный», «привычный». В некоторых диалектах это слово могло означать «свой», «близкий человек». Суффикс -та или -дыкта в тюркских языках часто выполняет функцию причастия или указывает на состояние. Таким образом, Надыкта — это человек, которого «знают», «признают своим», или, возможно, прозвище, данное пришлому, который «прижился» и стал «своим» в новой среде.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с украинским или южнорусским диалектным глаголом «надыкты» (надыкать), означающим «найти», «обнаружить», «наткнуться». В этом случае прозвище Надыкта могли дать найдёнышу, подкидышу или человеку, которого «нашли» при необычных обстоятельствах. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол этот редок и не образует устойчивых фамилий.

Географически фамилия Надыкта встречается в основном на юге России и в восточных регионах Украины, что косвенно подтверждает её тюркские корни — в зоне длительных контактов славянского и тюркского населения. Это не дворянская и не крестьянская фамилия в классическом понимании: она не попала в официальные родословные книги, а бытовала в казачьей среде и среди однодворцев, где прозвища часто заменяли фамилии. Суффиксальная модель фамилии (отсутствие русского патронимического суффикса) — редкий случай для XIX века, что делает её ценной для историков языка. По сути, Надыкта — это застывшее тюркское прилагательное, которое стало родовым именем без дополнительной русификации.