Фамилия Нафах — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В русском языке нет корня «наф-» со значением, из которого могло бы родиться прозвище или мирское имя. Поэтому первая и самая вероятная версия — иноязычное происхождение, скорее всего, тюркское или арабское.

В арабском языке корень «н-ф-х» (ن ف ح) означает «дуть», «веять», «распространять аромат». Отсюда слово «нафах» — «дуновение», «аромат», «благоухание». В мусульманской культуре это имя или прозвище с положительным оттенком: так могли назвать ребёнка, родившегося в благоприятный день, или человека с лёгким, приятным нравом. В тюркских языках, заимствовавших арабизмы, «нафах» могло закрепиться как личное имя.

Если фамилия Нафах встречается у русских или украинцев, она, скорее всего, прошла через процесс адаптации: исходное имя или прозвище Нафах дали предку, а его потомки получили фамилию без добавочного суффикса (как, например, фамилии Бах, Кох, Шах). Такая «нулевая» модель характерна для поздних фамилий, которые фиксировали в документах уже в XVIII–XIX веках, когда суффикс -ов/-ин могли опустить из-за необычного звучания основы.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским, башкирским или кавказским населением, а также к местам, куда переселялись выходцы из Крыма и Турции. Встречается она крайне редко, что делает её маркером конкретной семейной истории — скорее всего, предки носителя были людьми духовного звания, купцами или ремесленниками, имевшими связи с восточными культурами.

Второй, менее правдоподобный вариант — искажение фамилии Нафанаилов (от библейского Нафанаил) через сокращение и потерю окончания. Но для такого перехода нет типичных фонетических закономерностей, и версия с арабским корнем остаётся основной.