Фамилия Нафиса — редкий случай в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или прозвищ (Кузнецов, Смирнов), эта фамилия не имеет славянской основы. Её происхождение напрямую связано с арабским женским именем Нафиса (Нафисат), которое переводится как «драгоценная», «изящная», «утончённая». В мусульманской традиции это имя известно с VII века — его носила одна из потомков пророка Мухаммеда, известная своей учёностью и благочестием.

Фамилия эта — русифицированная форма восточного имени. Она могла возникнуть двумя путями. Первый: фиксация имени отца или матери при переписи населения в регионах с преобладанием ислама (Татарстан, Башкортостан, Кавказ, Средняя Азия). Второй: фамилия могла закрепиться за переселенцами, получившими её как «уличное» прозвище по имени главы семьи, без добавления типичных русских суффиксов -ов/-ев. Отсутствие суффикса — ключевой признак: фамилия осталась в форме чистого имени (как Ахмет, Рашит, Гали), что характерно для тюркских и кавказских фамилий, вошедших в русский обиход без переоформления.

Географически фамилия Нафиса встречается точечно, в основном в Татарстане, Башкортостане, среди кавказских народов (ингушей, чеченцев) и в среде крымских татар. Встречаемость низкая: по данным открытых телефонных справочников, носителей фамилии в России — единицы, десятки, не сотни. Это не фамилия массового крестьянского или дворянского сословия, а скорее семейное имя, возникшее в конкретном роду.

Интересная деталь: в русском языке фамилия Нафиса не склоняется, если принадлежит женщине (Анна Нафиса), и склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Нафиса, к Ивану Нафисе). Это грамматическое правило, общее для всех фамилий на -а с восточным корнем, часто путает носителей при заполнении документов. Таким образом, предки современных Нафиса — люди, носившие имя «драгоценная», скорее всего, из татарской или кавказской среды, а сама фамилия — живое свидетельство того, как личное имя без изменений стало родовым.