Фамилия Нагайне — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно нерусская по модели образования: суффикс -не, а не -ов, -ин или -ский, сразу выдаёт её балтийские или, точнее, латышские корни. В латышском языке фамилии с окончанием -nieks, -niece или просто -ne встречаются сплошь и рядом, и Нагайне — это, скорее всего, русифицированная или онемеченная запись такой фамилии.

Основа «Нагай-» может восходить к латышскому слову «nags» — ноготь, коготь. В таком случае прозвище могло относиться к человеку с длинными, сильными пальцами, возможно, к кузнецу или плотнику, чья работа требовала цепкой хватки. Менее вероятно, но не исключено, что это вариант фамилии от топонима — названия хутора или мызы, где жили первые носители. В Латвии есть несколько мест с корнем «Nag-», например, Нагли или Нагайни.

С точки зрения этимологии, фамилия Нагайне не имеет ничего общего с нагайкой (казачьей плетью) или тюркскими ногайцами. Это типичный пример «ложного друга переводчика»: похожее звучание ведёт к неверным ассоциациям. Реальная история фамилии — это история миграции: скорее всего, предок носителя фамилии был латышом, который в XIX — начале XX века переселился в центральную Россию или Сибирь, где его фамилию записали на слух, адаптировав под русскую грамматику. Именно поэтому фамилия встречается в основном у русскоязычных, но с явным балтийским «скелетом».