Фамилия Нагнибедова — женская форма фамилии Нагнибедов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Нагнибед. В основе лежит глагольная конструкция «нагни беду», то есть «накличь, навлеки несчастье». Такие прозвища в Древней Руси давали не в буквальном смысле, а с охранительной, обережной функцией: считалось, что если назвать человека «бедой», то злые силы к нему не пристанут, потому что он уже «отмечен» словом. Парадоксально, но имя или прозвище с негативным значением служило оберегом от реальной беды.

Словообразовательная модель здесь редкая и показательная. Фамилия образована от повелительного наклонения глагола с дополнением: «нагни» + «беда». Подобные «глагольные» фамилии — Нагибин, Убейкобыла, Держиморда — характерны для русской ономастики XVI–XVII веков. Суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность: Нагнибедов — сын или потомок человека по прозвищу Нагнибед. Это типичная модель для фамилий, которые оформились у крестьян и посадских людей после отмены крепостного права, хотя само прозвище могло возникнуть значительно раньше.

Географически фамилия Нагнибедов и её женская форма Нагнибедова привязаны к южнорусским и украинским землям. В переписных книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков такие прозвища чаще встречаются в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях, а также на Слобожанщине. Это объясняется тем, что охранительные имена с частицей «на-» (Нагиба, Нагнибеда) были особенно популярны в среде служилых людей «по прибору» и однодворцев — особого сословия, которое занимало промежуточное положение между крестьянами и дворянами.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования отнесены к разряду «фамилий-прозвищ», которые отражают не профессию или внешность, а бытовую магию имени. Споров о корне фамилии практически нет: основа прозрачна, и альтернативные версии (например, от топонима Нагнибедово) не подтверждаются ни географическими справочниками, ни историческими документами. Таким образом, Нагнибедова — это фамилия-оберег, которая когда-то должна была уберечь своего носителя от настоящих несчастий, а сегодня просто указывает на предка с необычным и метким прозвищем.