Фамилия Нагуськина — женская форма фамилии Нагуськин, и её разговорное звучание даёт ключ к происхождению. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывают на принадлежность: «чей?» — Нагуськин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Нагуська.

Самая вероятная основа фамилии — прозвище Нагуська, которое могло возникнуть в среде крестьян или однодворцев южнорусских губерний. Слово «гусь» в народной речи имело не только прямое значение домашней птицы, но и переносное: гусем называли человека медлительного, важного или, наоборот, простоватого. Приставка «на-» в прозвище могла указывать на действие или состояние: «нагуська» — человек, который напоминает гуся, ведёт себя по-гусиному (например, ходит вразвалку или вытягивает шею). В рязанских и тамбовских говорах «нагуськать» означало «накликать, напророчить», но эта версия менее вероятна для фамильного прозвища.

Обращает на себя внимание суффикс -к-, который в русских фамилиях часто свидетельствует о неофициальной, бытовой форме имени или прозвища. Нагуська — не полное имя, а уменьшительно-пренебрежительное или шутливое прозвание. Фамилия Нагуськин, таким образом, относится к «патронимическим» (по отцу): её получил сын Нагуськи, то есть потомок человека, за которым закрепилось это прозвище.

Встречаемость фамилии редкая, что типично для прозвищ, не перешедших в массовые крестьянские фамилии. Нагуськины могли жить в центральных чернозёмных областях России, где гусь был обычной домашней птицей, а прозвища по животным — распространённой практикой. В современных базах данных фамилия фиксируется в единичных случаях, преимущественно в Воронежской и Липецкой областях, что косвенно подтверждает её южнорусское происхождение.