Фамилия Нагусько звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ко — характернейшая украинская или белорусская фамильная примета. В украинском языке этот суффикс выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев, — указывает на принадлежность или родство. Таким образом, Нагусько — это «сын» или «потомок» человека по прозвищу Нагусь.

Куда сложнее с корнем. Основа Нагусь- не фиксируется в современных украинских словарях как имя или прозвище. Самая вероятная версия выводит её из диалектного глагола нагусти (нагустить) или прилагательного нагустий — «густой, плотный, частый». В украинских говорах это слово могло относиться к густой растительности (лес, кустарник) или к густой, непроходимой грязи. Прозвище Нагусь, скорее всего, дали человеку, жившему в глухом, заросшем месте, или тому, кто отличался кряжистой, плотной фигурой. Менее убедительна версия, связывающая корень с нагуляти (нагулять) — тогда Нагусь могло означать «подкидыш» или «внебрачный ребёнок», но это предположение не подкрепляется типичными для таких прозвищ суффиксами.

Географически фамилия Нагусько почти наверняка привязана к центральной или западной Украине, где суффикс -ко особенно распространён. В России она встречается редко, чаще всего как след переселения украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными селянами или казаками — в мещанской и шляхетской среде такие «простые» прозвища встречались реже. Фамилия не документирована в старых родословных книгах, что подтверждает её народное, а не дворянское происхождение.