Фамилия Нагуськин — редкий случай, где исходное прозвище почти полностью растворилось в суффиксе, оставив лишь смутный намёк на географию или род занятий предка. Модель образования проста: основа «Нагуськ-» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, который указывает на «сына» или «человека из семьи» того, кого звали Нагуська.

Ключ к разгадке — в уменьшительно-пренебрежительной форме имени или прозвища на -уська. Такие формы в русских говорах образовывали от имён (например, Нагуська от Нагуй, Нагай) или от прозвищ по действию. Наиболее вероятная основа — глагол «нагулять» в значении «приобрести, добыть гуляя» или «нагулять ребёнка» (внебрачного). Прозвище Нагуська могли дать ребёнку, рождённому вне брака, или же человеку, который «нагулял» себе состояние, имущество. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с тюркским корнем «нагай» (ногаец) — тогда Нагуська мог быть уменьшительным от прозвища Нагай, данного человеку с восточной внешностью или нравом.

Суффикс -ин указывает на севернорусское или центральное происхождение фамилии. В южнорусских и украинских землях на том же месте стоял бы суффикс -енко или -ук. Фамилия редкая, её носители встречаются в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где смешивались русские переселенцы и тюркские народы, что делает версию с «нагайским» корнем не такой уж надуманной.

В словарях русского языка слово «нагуська» не фиксируется как самостоятельное, поэтому фамилия держится исключительно на устной традиции прозвищ. Исторических документов с упоминанием рода Нагуськиных до XVIII века не сохранилось — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, в среде крестьян или однодворцев, которые не имели устойчивого родового имени до переписей.