Фамилия Наимушины — редкий случай, когда основа угадывается не сразу. В ней слышится что-то связанное с «наи…» (превосходная степень), но на самом деле корень лежит в диалектной лексике. Разбираем по составу: Наимуш-ин-ы. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Наимушин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Наимуш. А вот само прозвище — это, скорее всего, усеченная форма от «наймит» или «наёмный». В северных и сибирских говорах «наймуш» (или «наимуш») называли батрака, работника по найму, человека, который нанимается на сезонную или поденную работу. Фамилия образована от просторечного варианта этого слова — с характерным для народной речи переходом «й» в «и» и смягчением.

Вторая, менее вероятная версия, связывает основу с именем Наум. В русской ономастике от имени Наум (др.-евр. «утешитель») образованы фамилии Наумов, Наумычев, Науменко. Форма «Наимуш» могла возникнуть как диалектное произношение: в некоторых говорах «а» после шипящих и мягких согласных переходило в «и» (ср. «рябина» — «ребина»). Но эта гипотеза слабее: для фамилии Наумов существует множество нормативных вариантов, а «Наимуш» — слишком специфичный и редкий слепок, чтобы быть основным.

Географически фамилия Наимушины — типично севернорусская или сибирская. В документах XVII–XVIII веков «наймиты» и «наимуши» часто упоминаются среди крестьянского и посадского населения Поморья, Вятки, Пермского края. Там же, в условиях активного хозяйственного найма, прозвище могло закрепиться за целым родом. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались у служилых людей и помещиков, фамилии на -ин в этой среде подчеркивали именно бытовое, а не официальное происхождение: «сын Наимуша» — то есть сын батрака.

Написание фамилии устойчиво: «Наимушины» с буквой «и» в первом слоге и окончанием -ы во множественном числе (в единственном — Наимушин). Вариант «Наймушины» встречается, но реже и обычно у носителей, чьи предки переселялись в регионы с иным произношением. В целом фамилия осталась малочисленной: по переписям XIX века она фиксируется точечно в Вологодской и Архангельской губерниях. Сейчас её носители — в основном потомки тех самых северных крестьян-наймитов, которые, несмотря на небогатое прозвище, сумели передать фамилию через века.