Фамилия Наймушин образована от прозвища Наймуша. В его основе лежит глагол «наймать», т.е. «нанимать». Скорее всего, такое прозвище получал наемный работник. Менее вероятной представляется этимологическая связь фамилии с мусульманским мужским именем Наим, которое в переводе с арабского означает «счастье, благоденствие». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Наймуша, со временем получил фамилию Наймушин.