Фамилия Наймкшин — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа и суффикс указывают на несколько возможных путей образования, и ни один из них не лежит на поверхности.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин, который в русских фамилиях чаще всего означает принадлежность: «чей?» — сын или потомок человека, названного в основе. Основа — «Наймкш-». Это не полное имя и не очевидное прозвище. Скорее всего, перед нами усечённая или искажённая форма от более длинного имени или прозвища.

Первая и наиболее правдоподобная версия: фамилия восходит к личному имени Наум (древнееврейское «утешитель»). В разговорной речи и местных говорах имя Наум могло звучать как Найм, а далее прибавился суффикс субъективной оценки -к(а) или -кш(а), который в некоторых регионах (например, в северных и сибирских говорах) давал формы вроде Наймка, Наймко. От такой формы через притяжательный суффикс -ин и родилась фамилия Наймкшин. Подобный путь прошли фамилии Наймушин, Наймухин — они тоже связаны с именем Наум, только с разными диалектными суффиксами.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая: основа может быть связана с глаголом «наймовать» (нанимать). В этом случае прозвище Наймка могли дать человеку, который занимался наймом работников или сам часто нанимался на работу. Однако для русского ономастикона такая прямая связь с действием встречается реже, чем производные от имён.

Географически фамилия Наймкшин встречается крайне редко. По данным открытых источников, основные носители зафиксированы в Пермском крае и на Урале. Это подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в северных и уральских говорах любили уменьшительно-ласкательные формы с суффиксом -кш- (ср. фамилии Мокшин, Шукшин, где основа тоже от имени или прозвища).

Таким образом, предок современных Наймкшиных, скорее всего, был человеком по имени Наум, которого в быту звали Наймка, а его дети и внуки стали Наймкшиными. Фамилия сохранила редкий диалектный суффикс, который в центральной России почти не встречается.