Фамилия Наинская — редкий случай, когда основу не стоит искать в славянских корнях или в распространённых именах. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного происхождения, созданная в духовной среде. В семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от церковнославянских слов или библейских топонимов. «Наин» — это город, упомянутый в Евангелии от Луки (Лк. 7:11–17), где Христос воскресил сына вдовы. Прилагательное «Наинская» (или «Наинский») буквально означает «относящаяся к Наину». Таким образом, фамилия могла быть присвоена выпускнику духовного училища или семинарии в честь этого евангельского события.

Суффикс -ск- указывает на типичную модель образования фамилий от географических названий, но в данном случае география не реальная, а библейская. Реже встречается версия, что Наинская — это вариант фамилии Найинская, образованной от прозвища Най (от глагола «найти» или «наймать»), но это менее правдоподобно: фамилия с суффиксом -ск- почти всегда тянется к названию места, а не к личному прозвищу.

Из-за редкости фамилии носители Наинской в основном встречаются в центральной России и в регионах, где были сильны духовные училища. Сословно предки, скорее всего, принадлежали к духовенству, а не к крестьянам или дворянам. Если верить архивным записям, в XIX веке фамилия фиксируется в Тверской и Ярославской губерниях, что тоже косвенно подтверждает семинарскую версию — именно там располагались известные духовные школы.

Словообразовательный разбор прост: основа «Наин» + суффикс «-ск-» + окончание «-ая». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Наи́нская. В написании путаница редка, но иногда встречается вариант с одной «н» — Наинская, что ошибочно, так как в библейском названии две «н».