Фамилия Нагинская хранит память о месте, откуда вышел её первый носитель, и о прозвище, которое ему дали. Скорее всего, в основе лежит географическое название Нагино: так могли прозвать выходца из села с этим именем. Нагинский — тот, кто родом из Нагина, а Нагинская — женская форма этой фамилии. Такая модель образования типична для фамилий на -ский/-цкий, которые в старину часто получали дворяне по названию своих владений, но позже распространились и среди других сословий, обозначая просто уроженца определённой местности.

Село Нагино встречается в разных регионах. Одно из них упоминается в документах 1862 года в Рязанском уезде Рязанской губернии, другое существует в Абанском районе Красноярского края. Само название, вероятно, связано с прилагательным «нагой» в значении «опустошённый, бедный», то есть село могло стоять на голом, лишённом растительности месте или быть небогатым. Впрочем, возможна и другая версия: в основе названия могло лежать не прозвище, а древнее личное имя Нагой, которое тоже имело отношение к слову «нагой» — так в старину могли назвать человека, родившегося в рубашке, или просто бедняка.

Фамилия Нагинский закрепилась за потомками того самого Нагинского, который получил прозвище по месту жительства. Со временем она перестала быть указанием на род занятий или внешность и превратилась в наследственное семейное имя. Сведения о носителях фамилии встречаются в архивных документах. Например, в архивах Казахстана есть запись о Нагинской Софье Ефимовне, родившейся в 1900 году в белорусском Витебске; в документе она указана еврейкой по национальности. Эта запись напоминает, что фамилия бытовала не только в великорусских губерниях, но и в черте оседлости, где её могли носить семьи самого разного происхождения.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Нагин, Нагих, Наговицын — показывает, что основа «наг-» в русских фамилиях встречается нередко, но модель с суффиксом -ский встречается реже, чем простая патронимическая на -ов или -ин. Это делает фамилию Нагинская более книжной, «географической» по своему типу. Если Нагин — просто «сын Нага», то Нагинский всегда указывает на связь с конкретным местом, и в этом её отличительная черта.